List of publications of A. Y. Zinov'ev

Monographies

• Gorban A., Kegl B., Wunch D., Zinovyev A. (eds.) Principal Manifolds for Data Visualization and Dimension Reduction // Lecture Notes in Computational Science and Engineering. — Springer, 2008. — Vol. 58. — 340 p.
• Gorban A., Kegl B., Wunch D., Zinovyev A. and eds. Principal Manifolds for Data Visualization and Dimension Reduction // Lecture Notes in Computational Science and Engineering. — Springer, 2007. — Vol. 58. — 340 p.

Web of Science publications

• Zinovyev A., Sadovsky M., Calzone L., Fouche A., Groeneveld C. S., Chervov A., Barillot E., Gorban A. N. Modeling Progression of Single Cell Populations Through the Cell Cycle as a Sequence of Switches // Frontiers in Molecular Biosciences. — 2022. — Vol.8. — Art.793912. [WoS Q1] doi: 10.3389/fmolb.2021.793912
• Zinovyev A., Sadovsky M., Calzone L., Fouche A., Groeneveld C., Chervov A., Barillot E., Gorban A. Modeling progression of single cell populations through the cell cycle as a sequence of switches // Frontiers in Molecular Biosciences. — 2021. — Vol.8. — Art.793912. [WoS Q2] DOI 10.3389/fmolb.2021.793912 [link]

Central press

• Горбань А. Н., Зиновьев А. Ю., Питенко А. А. Визуализация данных. Метод упругих карт // Нейрокомпьютеры. — 2002. — № 4. — С. 19-30.
• Зиновьев А. Ю., Питенко А. А., Попова Т. Г. Практическое применение метода упругих карт // Нейрокомпьютеры. — 2002. — № 4. — С. 31-39.
• Зиновьев А. Ю., Питенко А. А. Визуализация данных методом упругих карт // Информационные технологии. М.: Машиностроение. — 2000. — № 6. — С. 26-35.

Foreign press

• Gorban A. N., Harel-Bellan Annick, Morozova N., Nonne N., Pritchard L. L., Zinovyev A. Yu. Kinetic signatures of microRNA modes of action // RNA-Publ. RNA Soc. — 2012. — V. 18, Iss. 9. — P. 1635–1655.
• Calzone L., Tournier L., Fourquet S., Zinovyev A. et al. Mathematical Modelling of Cell-Fate Decision in Response to Death Receptor Engagement // Plos computational biology. — V. 6. — № 3. — P. e1000702.
• Aebersold R., Auffray C., Baney E., Barillot E., Brazma A., Brett C., Brunak S., Butte A., Califano A., Celis J., Cufer T., Ferrell J., Galas D., Gallahan D., Gatenby R., Goldbeter A., Hace N., Henney A., Hood L., Iyengar R., Jackson V., Kallioniemi O., Klingmuller U., Kolar P., Kolch W., Kyriakopoulou C., Laplace F., Lehrach H., Marcus F., Matrisian L., Nolan G., Pelkmans L., Potti A., Sander C., Seljak M., Singer D., Sorger P., Stunnenberg H., Superti-Furga G., Uhlen M., Vidal M., Weinstein J., Wigle D., Williams M., Wolkenhauer O., Zhivotovsky B., Zinovyev A., Zupan B. Report on EU-USA Workshop: How Systems Biology Can Advance Cancer Research. — 2009. — Molecular Oncology 3(1): — P. 9-17.
• Barillot E., Calzone L., Zinovyev A. Biologie des Systemes du Cancer // Med Sci (Paris). — 2009. — V. 25(6-7):601-7. (французский).
• Guillon N., Tirode F., Boeva V., Zinovyev A., Barillot E., Delattre O. The oncogenic EWS-FLI1 protein binds in vivo GGAA microsatellite sequences with potential transcriptional activation function // PLoS ONE4(3):e4932. — 2009 .
• Ahnert S. E., Fink T. M.A., Zinovyev A. How much non-coding DNA do eukaryotes require? // J. of Theoretical Biology. — 2008 . — Vol. 252(4). — P. 587–592.
• Calzone L., Gelay A., Zinovyev A., Radvanyi F., Barillot E. A comprehensive modular map of molecular interactions in RB/E2F pathway // Molecular Systems Biology. — 2008. — Vol. 4. — P. 174–178.
• Radulescu O., Gorban A. N., Zinovyev A., Lilienbaum A. Robust simplifications of multiscale biochemical networks // BMC Systems Biology. — 2008. — Vol. 2. — article № 86. — 56 p.
• Zinovyev A., Viara E., Calzone L., Barillot E. BiNoM: a Cytoscape plugin for using and analyzing biological networks // Bioinformatics. — 2008. — Vol. 24(6). — P. 876–877.
• Radulescu O., Gorban A. N., Zinovyev A., Lilienbaum A. Robust simplifications of multiscale biochemical networks // BMC Systems Biology. — 2008. — P. 2-86.
• Gorban A., Sumner N., Zinovyev A. Topological grammars for data approximation // Appl. Math. Lett. — 2007. — Vol. 20(4). — P. 382–386.
• Gorban A., Zinovyev A. The Mystery of Two Straight Lines in Bacterial Genome Statistics // Bulletin of Math. Biol. — 2007. — Vol. 69. — P. 2429–2442.
• Gorban A. N., Kegl B., Wunsch D., Zinovyev A. Principal Manifolds for Data Visualisation and Dimension Reduction // LNCSE 58. — Springer, Berlin — Heidelberg — New York. — 2007. http://www.earthdoc.org/detail.php?paperid=A38&edition=31.
• Rapaport F., Zinovyev A., Dutreix M., Barillot E., Vert J. P. Classification of microarray data using gene networks // BMC Bioinformatics. — 2007. — Vol. 8. — P. 35-47.
• Zinovyev A., Viara E., Calzone L., Barillot E. BiNoM: a Cytoscape plugin for using and analyzing biological networks // Bioinformatics. — 2007. — doi:10.1093/bioinformatics /btm553.
• Carbone A., Kepes F., Zinovyev A. Codon bias signatures, organisation of microorganisms in codon space and lifestyle // Mol. Biol. Evol. — 2005. — Vol. 22(3). — P. 547–561.
• Gorban A., Popova T., Zinovyev A. Four basic symmetry types in the universal 7-cluster structure of microbial genomic sequences // In Silico Biology. — 2005. — Vol. 5. — 0025.
• Gorban A., Zinovyev A. Elastic principal graphs and manifolds and their practical applications // Computing. — 2005. — Vol. 75 (4). — P. 359–379.
• Gorban A., Zinovyev A., Popova T. Universal seven-cluster structure of genome fragment distribution: basic symmetry in triplet frequencies // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N. Kolchanov and R. Hofestaedt) Springer Science+Business Media, Inc. — 2005. — P. 153–163.
• Gorban A. N., Popova T. G., Zinovyev A. Yu. Codon usage trajectories and 7-cluster structure of 143 complete bacterial genomic sequences // Physica A: Statistical and Theoretical Physics. — 2005. — Vol. 353. — P. 365–387.
• Carbone A., Zinovyev A., Kepes F. Codon Adaptation Index as a measure of dominating codon bias // Bioinformatics. — 2003. — Vol. 19. — № 13. — P. 2005–2015.
• Carbone A., Zinovyev A., Kepes F. Codon Adaptation Index as a measure of dominating codon bias // IHES Preprint. — France. — 2003. — M/02/93.
• Gorban A. N., Karlin I. V., Zinovyev A. Yu. Constructive Methods of Invariant Manifolds for Kinetic Problems // IHES Preprint. — France. — 2003. — M/03/50.
• Gorban A. N., Karlin I. V., Zinovyev A. Yu. Invariant grids for reaction kinetics // IHES Preprint. — France. — 2003. — P/03/42.
• Gorban A. N., Zinovyev A. Yu., Popova T. G. Seven clusters in genomic triplet distributions // In Silico Biology. — 2003. — Vol. 3. — 0039. .
• Gorban A. N., Zinovyev A. Yu., Popova T. G. Seven Clusters In Genomic Triplet Distributions // IHES Preprint. — France. — 2003. — M/03/62.
• Zinovyev A. Yu. Method And Software For Fast Construction Of Principal Manifolds Approximations // IHES Preprint. — France. — 2003. — M/03/61.
• Gorban A. N., Zinovyev A. Yu. Method of Elastic Maps and its Applications in Data Visualization and Data Modeling // Int. Journal of Computing Anticipatory Systems, CHAOS. — 2002. — Vol. 12. — P. 353–369.
• Зиновьев А. Ю., Питенко А. А. Визуализация данных методом упругих карт // Радiоелектронiка. Iнформатика. Управлiння. — Запорожье. — 2000. — № 1. — С. 76-85.

International conference proceedings

• Gorban A., Sumner N., Zinovyev A. Branching principal components: elastic graphs, topological grammars and metro maps // Proc. Int. Joint Conf. on Neural Networks. — Orlando, USA. — 2007. — 1675.
• Radulescu O., Zinovyev A., Lilienbaum A. Model reduction and model comparison for NFkB signalling // Proc. Foundations of Systems Biology in Engineering. — Stuttgart, Germany. — 2007. — E-06. — P.
• Stoll G., Zinovyev A., Tirode F., Laud-Duval K., Delattre O., Barillot E. Model-based approach for analysis of transcriptome perturbation reveals Ewing oncogene interaction network // Proc. Int. Conf. on Systems Biology. — Long Beach, USA. — 2007. — H07. — P.
• Zinovyev A., Viara E., Calzone L., Barillot E. BiNoM: a Cytoscape plugin for using and analyzing biological networks // Proc. Int. Conf. on Systems Biology. — Long Beach, USA. — 2007. — G20. — P.
• Radulescu O., Gorban A., Vakulenko S., Zinovyev A. Hierarchies and modules in complex biological systems // Proc. European Conf. on Complex Systems 2006. — Oxford, UK. — 2006. — P. 152–156.
• Rapaport F., Zinovyev A., Barillot E., Vert J. P. Spectral analysis of gene expression profiles using gene networks // Proc. Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS''2006). — Novosibirsk, Russia. — 2006. — P. 91-95.
• Gorban A., Karlin I., Zinovyev A. Invariant grids: method of complexity reduction in reaction networks // ComPlexUs 2004-05;2. — 2005. — P. 110–127.
• Gorban A. N., Popova T. G., Zinovyev A. Yu. Seven clusters and unsupervised gene prediction. // Proc. Fourth Int. conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure — 2004 / IC&C. — Novosibirsk. — 2004. — P. 277–280.

All-Russia and Regional conference proceedings

• Зиновьев А. Ю., Попова Т. Г. Метод автоматической идентификации протеинкодирующих участков в геноме // Тр. II Всесибирского конгресса женщинматематиков. — Красноярск: КГУ. — 2002. — С. 201–208.
• Зиновьев А. Ю. Метод построения упругих моделирующих многообразий // Труды III Всероссийской научно-технической конференции «Нейроинформатика-2001». — М.: МИФИ. — 2001. — Ч. 2. — С. 47-54.
• Зиновьев А. Ю., Питенко А. А. Применение метода упругих карт для визуализации таблицы экономических показателей // Труды III Всероссийской научно-технической конференции «Нейроинформатика-2001». — М.: МИФИ. — 2001. — Ч. 2. — С. 244–249.
• Зиновьев А. Ю., Питенко А. А. Визуализация, картографирование и анализ произвольных данных методом упругих карт // Труды всерос. семинара «Современные подходы к интеграции информационных технологий» / «Информационные технологии в энергетике». — Иркутск: ИСЭМ СО РАН. — 2001. — С. 165–172.
• Зиновьев А. Ю., Питенко А. А. Метод построения упругих карт для решения задач анализа многомерных данных // Материалы конференции молодых ученых Красноярского научного центра СО РАН. — Красноярск: КНЦ СО РАН. — 2001. — С. 25-27.
• Зиновьев А. Ю., Питенко А. А. Метод упругих карт для решения задач визуализации данных и его реализация в программе VidaExpert 1.0 /// Материалы IX Всероссийского семинара «Нейроинформатика и ее приложения». — Красноярск: КГТУ. — 2001. — С. 76-79.
• Зиновьев А. Ю., Попова Т. Г. Визуализация распределений триплетов в кодирующих и некодирующих участках ДНК // Материалы IX Всероссийского семинара «Нейроинформатика и ее приложения». — Красноярск: КГТУ. — 2001. — С. 80-84.
• Зиновьев А. Ю., Питенко А. А. Применение метода упругих карт для визуализации экономических показателей // Материалы VIII-го Всерос. семинара «Нейроинформатика и ее приложения». — Красноярск: КГТУ. — 2000. — С. 77-80.
• Зиновьев А. Ю., Питенко А. А. Система визуализации произвольных данных. // Труды 2-ой Всероссийской научно-технической конференции «Нейроинформатика-2000». — М.: МИФИ. — 2000. — Ч. 1. — С. 75-80.
• Зиновьев А. Ю., Питенко А. А. Технология визуализации произвольных данных методом упругих карт // Материалы VIII Всерос. семинара «Нейроинформатика и ее приложения». — Красноярск: КГТУ. — 2000. — С. 73-76.
• Зиновьев А. Ю., Питенко А. А., Россиев А. А. Проектирование многомерных данных на двумерную сетку // Труды 2-ой Всероссийской научно-технической конференции «Нейроинформатика-2000». М.: МИФИ.- 2000. — Ч. 1. — С. 80-88.

Abstracts

• Зиновьев А. Ю., Питенко А. А. Визуализация произвольных данных методом упругих карт // Материалы конференции молодых ученых Красноярского научного центра СО РАН. — Красноярск: КНЦ СО РАН. — 2000. — С. 18-20.
• Зиновьев А. Ю., Питенко А. А. Визуализация произвольных данных. // Тезисы докладов I-го Всесибирского конгресса женщин-математиков. — Красноярск: ИВМ СО РАН. — 2000. — С. 76.
• Зиновьев А. Ю., Питенко А. А. Картографирование произвольных данных. // Материалы XXXVIII-ой международной научной студенческой конференции «Студент и научно-технический прогресс, информационные технологии». — Новосибирск: НГУ. — 2000. — С. 38.

Abstracts of theses

• Зиновьев А. Ю. Метод упругих карт для визуализации данных: алгоритмы, программное обеспечение и приложения в биоинформатике // Автореф. дис. ... канд. техн. наук. — Красноярск: ИВМ СО РАН. — 2001. — 28 с.

Local editions

• Gorban A. N., Popova T. G., Zinovyev A. Yu. Four basic symmetry types in the universal 7-cluster structure of 143 complete bacterial genomic sequences // IHES Preprint. France. — 2004. — M/04/49.
• Gorban A. N., Zinovyev A. Yu. Visualization by method of elastic maps and its applications in genomics, economics and sociology /// Preprint. — France. — Institut des Hautes Etudes Scientiques. — IHES/M/01/36. — 2001. — 33 р.
• Gorban A. N., Zinovyev A. Yu., Popova T. G. Statistical approaches to the automated gene identification without teacher // Preprint. — France. — Institut des Hautes Etudes Scientiques. — IHES/M/01/34. — 2001. — 38 р.

Electronic publications

• Zinovyev A., Gorban A. N. Nonlinear Quality of Life Index. 2010. http://arXiv.org/abs/1008.4063
• Zinovyev A. Data visualization in political and social sciences. 2010. http://arXiv.org/abs/1008.1188.
• Gorban A. N., Zinovyev A. Principal manifolds and graphs in practice: from molecular biology to dynamical systems. http://arXiv.org/abs/1001.1122.
• Rapaport F., Zinovyev A., Dutreix M., Barillot E., Vert J-P. Spectral analysis of gene expression profiles using gene networks, submitted to BMC Bioinformatics // Preprint available at http://xxx.lanl.gov/abs/q-bio.QM/0603030.
• Gorban A. N., Zinovyev A. Yu. PCA deciphers genome, (http://arxiv.org/abs/q-bio.QM/0504013).
• Gorban A. N., Zinovyev A. Yu. The Mystery of Two Straight Lines in Bacterial Genome Statistics. Release 2005, (http://arxiv.org/abs/q-bio.GN/0412015).
• Gorban A. N., Popova T. G., Zinovyev A. Yu. Four basic symmetry types in the universal 7-cluster structure of 143 complete bacterial genomic sequences // E-print: http://arxiv.org/abs/q-bio/0410033
• Gorban A. N. Zinovyev A. Yu. Elastic principal manifolds and their practical applications // E-print http://arxiv.org/abs/cond-mat/0405648
• Gorban A. N., Popova T. G., Zinovyev A. Yu. Four basic symmetry types in the universal 7-cluster structure of 143 complete bacterial genomic sequences // IHES Preprint. France. — 2004. — M/04/49. E-print: http://www.ihes.fr/PREPRINTS/2004/M/M-04-49.pdf
• Gorban A. N., Karlin I. V., Zinovyev A. Invariant grids for reaction kinetics // e-print: arXiv cond-mat/0307076. — 2003. — 53 P. http://arXiv.org/abs/cond-mat/0307076
• Gorban A. N., Karlin I. V., Zinovyev A. Yu. Constructive Methods of Invariant Manifolds for Kinetic Problems // e-print: ArXiv cond-mat/0311017. — 2003. — 224 P. http://arxiv.org/abs/cond-mat/0311017
• Gorban A. N., Karlin I. V., Zinovyev A. Yu. Constructive Methods of Invariant Manifolds for Kinetic Problems // IHES/M/03/50. — 2003. — 224 P. http://www.ihes.fr/PREPRINTS/M03/Resu/resu-M03-50.html
• Gorban A. N., Karlin I. V., Zinovyev A. Yu. Invariant grids for reaction kinetics // IHES/P/03/42. — 2003. — 59 P. http://www.ihes.fr/PREPRINTS/P03/Resu/resu-P03-42.html
• Gorban A. N., Zinovyev A. Yu., Popova T. G. Seven Clusters In Genomic Triplet Distributions // IHES/M/03/62. — 2003. — 15 P. http://www.ihes.fr/PREPRINTS/M03/Resu/resu-M03-62.html
• Zinovyev A. Yu. Method And Software For Fast Construction Of Principal Ma-nifolds Approximations // IHES/M/03/61. — 2003. — 20 P. http://www.ihes.fr/PREPRINTS/M03/Resu/resu-M03-61.html
• Gorban A. N., Karlin I. V., Zinovyev A. Invariant grids for reaction kinetics // Doi: 10.1016/j.physa.2003.10.043
• Gorban A. N., Zinovyev A. Yu, Popova T. G. Self-organizing Approach for Automated Gene Identification in Whole Genomes // http://www.ict.nsc.ru/ws/NikNik/2087/rep2087.pdf, http://www-sbras.nsc.ru/ws/show_abstract.dhtml.ru+19+2173, http://xxx.lanl.gov/abs/physics/0108016, http://zhurnal.ape.relarn.ru/articles/2001/070.pdf, http://zhurnal.ape.relarn.ru/articles/2008/098.pdf.