List of publications of T. G. Popova

Central press

• Зиновьев А. Ю., Питенко А. А., Попова Т. Г. Практическое применение метода упругих карт // Нейрокомпьютеры. — 2002. — № 4. — С. 31-39.
• Шишацкая Е. И., Волова Т. Г., Попова Т. Г. Исследование биологических свойств полиоксиалканоатов в хроническом эксперименте in vivo // Медицинская техника. -2002. — № 4. — С. 29-33.
• Горбань А. Н., Попова Т. Г., Садовский М. Г. Гены вирусов человека менее избыточны, чем гены человека // Генетика, 1996. — T. 32. — № 2. — C. 289–294.
• A. N. Gorban, T. G. Popova, M. G. Sadovsky Human genes are more redundant than genes of human viruses / Genetika (Genetics), 1996, vol.32, # 2, pp.281 — 294.
• A. N. Gorban, T. G. Popova, M. G. Sadovsky A Redundancy of Genetic Sequences and Mosaic Structure of a Genome / Mol.Biologiya (Molecular Biology), 1994, vol.28, # 2, p.313 — 322.
• Горбань А. Н., Миркес Е. М., Попова Т. Г., Садовский М. Г. Новый подход к изучению статистических свойств генетических последовательностей.- Биофизика, 1993. Т.38, Вып. 5, с.762–767.
• A. N. Gorban, E. M. Mirkes, T. G. Popova, M. G. Sadovsky A new approach to study the statistical properties of genetic sequences / Biofizika (1993), vol.38, # 5, p.762 — 767.

Foreign press

• Popova T., Mennerich D., Weith A., Quast K. Effect of RNA quality on transcript intensity levels in microarray analysis of human post-mortem brain tissues // BMC Genomics. — 2008. — Vol. 9. — P. 91-94.
• Gorban A., Popova T., Zinovyev A. Four basic symmetry types in the universal 7-cluster structure of microbial genomic sequences // In Silico Biology. — 2005. — Vol. 5. — 0025.
• Gorban A., Zinovyev A., Popova T. Universal seven-cluster structure of genome fragment distribution: basic symmetry in triplet frequencies // Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. (Eds. N. Kolchanov and R. Hofestaedt) Springer Science+Business Media, Inc. — 2005. — P. 153–163.
• Gorban A. N., Popova T. G., Zinovyev A. Yu. Codon usage trajectories and 7-cluster structure of 143 complete bacterial genomic sequences // Physica A: Statistical and Theoretical Physics. — 2005. — Vol. 353. — P. 365–387.
• Gorban A. N., Popova T. G., Zinovyev A. Y. Self-Organizing Approach for Automated Gene Identification // Open Sys. Information Dyn. — 2003. — Vol. 10. — P. 1-13.
• Gorban A. N., Zinovyev A. Yu., Popova T. G. Seven clusters in genomic triplet distributions // In Silico Biology. — 2003. — Vol. 3. — 0039. .
• Gorban A. N., Zinovyev A. Yu., Popova T. G. Seven Clusters In Genomic Triplet Distributions // IHES Preprint. — France. — 2003. — M/03/62.
•   Gorban A. N.,Zinovyev A. Y., Popova T. Statistical approaches to automated gene identification without teacher//Institut des Hautes Etudes Scientifiques Preprint.2001
• Gorban A. N., Popova T. G., Sadovsky M. G., Wunsch D. C. Information content of the frequency dictionaries, reconstruction, transformation and classification of dictionaries and genetic texts // Smart Engineering System Design. — 2001. — Vol. 11. — P. 657–663.
• Gorban A. N., Popova T. G., Sadovsky M. G. Classification of Symbol Sequences over their Frequency Dictionaries: Towards the Connection Between Structure and Natural Taxonomy // Open Sys. & Information Dyn. — 2000. — № 7. — Р. 1-17.
• Gorban A. N., Popova T. G., Sadovsky M. G. Automatic classification of nucleotide sequences and its relation to natural taxonomy and protein function // Proc. of 1st Int. Conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure, Novosibirsk, 1998. — Vol. II. — P. 314–317.
• T. G. Popova, M. G. Sadovsky Transcription results in decrease of genes redundancy/ Mol.Biologiya (Molecular Biology), 1995, vol.29, # 3, p.500 — 506.
• T. G. Popova, M. G. Sadovsky Investigating statistical properties of genetic texts: local redundancy displays a new structure of genes //Advances in Modelling & Analysis, ser.C, (1995) AMSE Press. vol.48, # 4, p.17 — 22.
• A. N. Gorban, T. G. Popova, M. G. Sadovsky Correlation approach to comparison of nucleotide sequences /Zhurn.Obshchei Biologii (Journ.of General Biology), 1994, vol.55, # 4/5, p.420 — 430.
• E. M. Mirkes, T. G. Popova, M. G. Sadovsky Investigating Statistical Properties Of Genetic Texts: A New Approach,- Advances in Modelling & Analysis, B, AMSE Press, Vol.27, No.2, 1993, pp.1-13
• Gorban A. N.,Zinovyev A. Y., Popova T.Statistical approaches to automated gene identification without teacher//Institut des Hautes Etudes Scientifiques Preprint.0

International conference proceedings

• Gorban A. N., Popova T. G., Zinovyev A. Yu. Seven clusters and unsupervised gene prediction. // Proc. Fourth Int. conf. on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure — 2004 / IC&C. — Novosibirsk. — 2004. — P. 277–280.

All-Russia and Regional conference proceedings

• Popova T., Manie E., Stoppa-Lyonnet D., Barillot E., Stern M. H. Mining complex cancer genomic profiles obtained by SNP-arrays // Материалы XVII Всерос. сем. «Нейроинформатика, её приложения и обработка данных». — Красноярск: ИВМ СО РАН. — 2009. — С. 95-98.
• Зиновьев А. Ю., Попова Т. Г. Метод автоматической идентификации протеинкодирующих участков в геноме // Тр. II Всесибирского конгресса женщинматематиков. — Красноярск: КГУ. — 2002. — С. 201–208.
• Зиновьев А. Ю., Попова Т. Г. Визуализация распределений триплетов в кодирующих и некодирующих участках ДНК // Материалы IX Всероссийского семинара «Нейроинформатика и ее приложения». — Красноярск: КГТУ. — 2001. — С. 80-84.

Abstracts

• Бугаенко Н. Н., Горбань А. Н., Попова Т. Г., Садовский М. Г. Об определении смысла генетических текстов // II Съезд биофизиков России. Тезисы докладов III. — Москва, 1999. — С. 933–934.
• Бугаенко Н. Н., Горбань А. Н., Попова Т. Г., Садовский М. Г. Слабая периодичность нуклеотидных последовательностей: поиск, выделение, описание // II Съезд биофизиков России. Тезисы докладов III. — Москва, 1999. — С. 935–936.
• Горбань А. Н., Попова Т. Г., Садовский М. Г. К проблеме классификации нуклеотидных последовательностей // II Съезд биофизиков России. Тезисы докладов III. — Москва, 1999. — С. 945–946.
• Горбань А. Н., Попова Т. Г., Садовский М. Г. Классификация символьных последовательностей по частотным словарям // Третий сибирский конгресс по прикладной и индустриальной математике. Тез. докл. — Ч. 4. — Новосибирск: ИМ СО РАН, 1998. — C. 114–115.

Educational and methodical manuals

• Попова Т. Г. Математические методы в психологии. Методические указания. — Красноярск: КГУ. — 2000. — 60 с.

Local editions

• Gorban A. N., Popova T. G., Zinovyev A. Yu. Four basic symmetry types in the universal 7-cluster structure of 143 complete bacterial genomic sequences // IHES Preprint. France. — 2004. — M/04/49.
• Gorban A. N., Zinovyev A. Yu., Popova T. G. Statistical approaches to the automated gene identification without teacher // Preprint. — France. — Institut des Hautes Etudes Scientiques. — IHES/M/01/34. — 2001. — 38 р.
• Попова Т. Г. Классификация генов по частотным словарям // Материалы конференции молодых ученых ИВМ СО РАН. — Красноярск: ИВМ СО РАН, 1998. — C. 126–127.

Electronic publications

• Popova T., Mennerich D. Karsten Quast Effect of RNA quality on transcript intensity levels in microarray analysis of human postmortem brain tissues ISMB/ECCB 2007, Wien. — 2007. www.iscb.org/uploaded/css/G45Popova.pdf.
• Gorban A. N., Kudryashev M., Popova T. On the Way to Protein Alphabet: Informational Classification of Amino Acids in Comparison to Other Classifications, (http://arxiv.org/abs/q-bio.BM/0501019).
• Gorban A. N., Popova T. G., Zinovyev A. Yu. Four basic symmetry types in the universal 7-cluster structure of 143 complete bacterial genomic sequences // E-print: http://arxiv.org/abs/q-bio/0410033
• Gorban A. N., Popova T. G., Zinovyev A. Yu. Four basic symmetry types in the universal 7-cluster structure of 143 complete bacterial genomic sequences // IHES Preprint. France. — 2004. — M/04/49. E-print: http://www.ihes.fr/PREPRINTS/2004/M/M-04-49.pdf
• Gorban A. N., Zinovyev A. Yu., Popova T. G. Seven Clusters In Genomic Triplet Distributions // IHES/M/03/62. — 2003. — 15 P. http://www.ihes.fr/PREPRINTS/M03/Resu/resu-M03-62.html
• Gorban A. N., Zinovyev A. Yu, Popova T. G. Self-organizing Approach for Automated Gene Identification in Whole Genomes // http://www.ict.nsc.ru/ws/NikNik/2087/rep2087.pdf, http://www-sbras.nsc.ru/ws/show_abstract.dhtml.ru+19+2173, http://xxx.lanl.gov/abs/physics/0108016, http://zhurnal.ape.relarn.ru/articles/2001/070.pdf, http://zhurnal.ape.relarn.ru/articles/2008/098.pdf.