Институт создан 1 января 1975 года под названием Вычислительный центр Сибирского отделения АН СССР (ВЦК СО АН СССР). С 1991 года его возглавляет член-корреспондент РАН В. В. Шайдуров.

В 1997 г. Институт переименован в Институт вычислительного моделирования СО РАН (ИВМ СО РАН) и за ним закреплено научное направление «Методы математического моделирования и интеллектуальные информационные системы».